À la différence des séries anciennes et modernes qui sont classées par thèmes, la série W regroupe l'ensemble des archives publiques produites par les directions et services de la Ville de Nantes depuis 1940. Elles sont classées selon leur ordre d'entrée dans le dépôt. Cette série, dite ouverte, s'enrichit continuellement et régulièrement de nouveaux versements.

Depuis 2014, les Archives de Nantes accueillent aussi des fonds produits par les directions et services de Nantes Métropole. Ceci a donné lieu à la création de la série WM, qui fonctionne sur le même principe que la série W.

Les Archives de Nantes conservent également les fonds d'organismes délégataires de service public de la Ville et de la métropole (ex : Le Voyage à Nantes, Angers Nantes Opéra...). Ils sont classés en W et en WM.

Pour effectuer des recherches dans ces séries, il est possible d’utiliser les index, d’identifier le producteur ou le numéro du versement grâce au catalogue en ligne, ou de s’aider du plan de classement des fonds.